（1）法律依據(jù)不同
國有獨資企業(yè)遵循《全民所有制企業(yè)法》，國有獨資公司遵循《公司法》。
（2）管理體系不同
國有獨資企業(yè)由政府出資，隸屬于政府，實行政府任命或職工選舉并經(jīng)政府審核同意的廠長(經(jīng)理)負責(zé)制，注重隸屬關(guān)系;國有獨資公司是以“歸屬清晰、權(quán)責(zé)明確、保護嚴格、流轉(zhuǎn)順暢”的現(xiàn)代產(chǎn)權(quán)制度為指引，建立明確的以資產(chǎn)為紐帶的現(xiàn)代國有產(chǎn)權(quán)管理體系。
（3）治理結(jié)構(gòu)不同
國有重點大型企業(yè)監(jiān)事會由國務(wù)院派出，對國務(wù)院負責(zé)，代表國家對國有重點大型企業(yè)的國有資產(chǎn)保值增值狀況實施監(jiān)督。一般的國有企業(yè)董事會則由同級政府派出。國有獨資公司監(jiān)事會由國有資產(chǎn)監(jiān)督管理機構(gòu)委派。
（4）管理者角色不同
《全民所有制工廠企業(yè)工作條例》第一條 為改革全民所有制工業(yè)企業(yè)的領(lǐng)導(dǎo)體制，確定廠長的責(zé)任和權(quán)限，實行廠長負責(zé)制，特制定本條例。
第二條 全民所有制工業(yè)企業(yè)(以下簡稱企業(yè))依照國家法律規(guī)定，取得企業(yè)法人資格。企業(yè)的法定代表人為廠長，負責(zé)代表法人行使職權(quán)。廠長依據(jù)本條例規(guī)定，對本企業(yè)的生產(chǎn)指揮和經(jīng)營管理工作統(tǒng)一領(lǐng)導(dǎo)，全面負責(zé)。
第三條 廠長在組織企業(yè)生產(chǎn)經(jīng)營活動中，必須堅持企業(yè)的社會主義經(jīng)營方向，執(zhí)行黨和國家的方針、政策，遵守國家的法律、法規(guī)，執(zhí)行企業(yè)主管機關(guān)的決定。
第四條 廠長必須維護國家利益，保護國家財產(chǎn)，正確處理國家、企業(yè)、職工三者利益關(guān)系。
《公司法》第二條 本法所稱公司是指依照本法在中國境內(nèi)設(shè)立的有限責(zé)任公司和股份有限公司。第三條 公司是企業(yè)法人，有獨立的法人財產(chǎn)，享有法人財產(chǎn)權(quán)。公司以其全部財產(chǎn)對公司的債務(wù)承擔(dān)責(zé)任。
有限責(zé)任公司的股東以其認繳的出資額為限對公司承擔(dān)責(zé)任;股份有限公司的股東以其認購的股份為限對公司承擔(dān)責(zé)任。
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