個(gè)人獨(dú)資公司由于屬于一人公司的范疇，因此有其天然缺陷：
第一，個(gè)人獨(dú)資公司內(nèi)部一人股東往往既是公司財(cái)產(chǎn)的實(shí)際上的所有人，同時(shí)又是公司經(jīng)營(yíng)管理人或?qū)嶋H控制著公司的經(jīng)營(yíng)管理的幕后指揮者。由此一來傳統(tǒng)公司組織機(jī)構(gòu)的基本結(jié)構(gòu)“股東會(huì)——董事會(huì)——監(jiān)事會(huì)”三會(huì)并立的體系被打破。個(gè)人獨(dú)資公司的公司意志不再是股東會(huì)依法定程序，集合分散的個(gè)別的股東意志形成，而是單一股東自身意志。單一股東直接控制、經(jīng)營(yíng)公司，其行為亦無監(jiān)事會(huì)監(jiān)督，難免不以不當(dāng)方法或不當(dāng)目的將公司財(cái)產(chǎn)轉(zhuǎn)至個(gè)人名下，削弱公司擔(dān)保財(cái)產(chǎn)，損害公司債權(quán)人利益，危害社會(huì)交易安全。
比如公司向股東低價(jià)轉(zhuǎn)讓標(biāo)的物，或者公司從股東處高價(jià)受讓各種貨物與服務(wù)。另外，公司與公司外的第三人進(jìn)行不利于公司利益的交易，而第三人則將其所獲利益轉(zhuǎn)讓給股東。又如一人股東可以按自己意志制定公司財(cái)務(wù)方案，以公司的名義付給自己高額薪金，或通過其他途徑，支付給自己各種名目的報(bào)酬。以上種種都是個(gè)人獨(dú)資公司的股東利用公司內(nèi)部監(jiān)督機(jī)制的缺乏而損害債權(quán)人及雇員利益的表現(xiàn)。
第二，由于個(gè)人獨(dú)資公司僅有一名股東，背離了公司股東復(fù)數(shù)原則，股東依仗自己在公司法人制度中所處的優(yōu)勢(shì)地位，濫用有限責(zé)任特權(quán)，缺乏復(fù)數(shù)股東之間的相互制約機(jī)制，使投入公司的財(cái)產(chǎn)是否與股東其它財(cái)產(chǎn)完全分離無從考慮。而“三會(huì)”體系的虛無，更使分離原則之全部意義蕩然無存。
由此該唯一股東侵吞公司財(cái)產(chǎn)便無所顧忌。如一人股東將公司流通資產(chǎn)貸與自己或挪作自用;與公司訂立同公司目的事業(yè)無關(guān)的契約而創(chuàng)設(shè)公司債務(wù)，加大公司之負(fù)擔(dān);將公司財(cái)產(chǎn)低價(jià)售與自己或與自己有特殊關(guān)系的人，或相反，另公司高價(jià)收購自己或與自己有特殊關(guān)系的人的財(cái)產(chǎn);為自己或與自己有特殊關(guān)系的人確定過高的薪水。總之，公司之一人股東可通過各種渠道將公司財(cái)產(chǎn)流失于公司之外，使公司空殼運(yùn)轉(zhuǎn)。這意味著公司無承擔(dān)投資風(fēng)險(xiǎn)的責(zé)任財(cái)產(chǎn)，而股東還可以享受有限責(zé)任特權(quán)之保護(hù)，從而使公司債權(quán)人或社會(huì)公眾承擔(dān)極不公平的風(fēng)險(xiǎn)
